В древних свитках ниндзя говорилось, что в час величайшего испытания в далекой стране появятся трое отважных, которые, не будучи ниндзя по рождению, станут лучшими из лучших ниндзя...
     Трое молодых людей - парни Шен и Дастин, а также девушка Тори, волею судьбы были студентами в секретной Академии Ниндзя Ветра, что расположена близ калифорнийского города Блю Харбор Бэй. В этой Академии готовили бойцов, обладающих знаниями и техникой боя древнего клана ниндзя. Как туда все трое попали, неизвестно, но факт, что вся троица студентов весьма небрежно посещала занятия своего уважаемого и опытного Сансея Канои Ватанабе, что огорчало Сансея... Проще говоря, Шен, Тори и Дастин очень часто прогуливали занятия. Однажды это привело к неожиданным последствиям...
     В один далеко не прекрасный день все Академии Ниндзя Земли, в том числе и Академия Ниндзя Ветра, были неожиданно атакованы Лотором - изгнанным когда-то в космос злым мастером ниндзя (а также еще и братом Канои), который теперь вернулся и мечтает захватить весь мир с помощью подвластных ему сил темной магии и инопланетян. Лотор собрал целую армию из солдат-зомби Келзаков, а также обзавелся помощниками - "генералом" Зургейном и "лейтенантом" Чуубо, плюс его племянницы Мара и Капри на подхвате. Обретается злодей на громадном космическом корабле на орбите Земли.
     Напав на Академию Ветра, Лотор (вернее, его приспешники) магическим путем захватил в плен всех студентов ниндзя и таким образом уничтожил единственное препятствие на своем пути к покорению мира. Сама Академия была разрушена.
     Однако на свободе остался Сансей Академии Ветра, которого Лотор не смог окончательно победить в бою. Хотя в результате битвы Сансей и превратился в морскую свинку, но он был способен разговаривать и даже учить других. Также на свободе остались его сын Кэм, и троица нерадивых студентов (которые тривиально опоздали на занятия и потому не были захвачены армией Лотора).
     В то время когда создавался отряд "Ниндзя Шторм", в городе стали появляться Рейнджеры из прошлого и будущего. Не понимая того, как они оказались в этом времени, они решают помочь рейнджерам этого времени с врагами, которых в городе становится с каждым днем все больше и больше.